Фамилия Валдохин — редкий случай, когда прозвище, от которого она образована, почти полностью вытеснило в быту исходное крестильное имя. Корень здесь — Валдоха, а это, скорее всего, обиходная форма имени Владимир. В народной речи имя Владимир часто сокращали и переделывали: Володя, Владя, Валдя. Форма Валдоха — один из вариантов такого переоформления, с характерным для русских говоров окончанием -оха (сравните: Антоха от Антон, Михоха от Михаил). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Валдохин буквально означает «сын Валдохи», «из семьи Валдохи».

Есть и вторая, менее вероятная версия. В русских говорах слово «валдоха» могло означать неуклюжего, неповоротливого человека, а в некоторых диалектах — того, кто валит, сбивает с ног (от глагола «валять», «валить»). Однако эта версия проигрывает первой: прозвища от крестильных имён в русских фамилиях встречаются гораздо чаще, чем прозвища от диалектных нарицательных слов, тем более таких редких. К тому же форма Валдоха органично вписывается в ряд уменьшительных форм от Владимира.

Фамилия Валдохин — типично русская по модели (суффикс -ин) и по основе. Она не имеет дворянского или книжного происхождения, а возникла в крестьянской или посадской среде на северо-востоке Руси. Географически она привязана к старым русским областям: Валдохины встречаются в документах по Вологодской, Костромской и Вятской губерниям. Именно там, в зоне северного наречия, имя Владимир в быту чаще всего давало такие «окающие» формы — Валдя, Валдоха, Валдуха.

Интересно, что фамилия сохранила в корне звук [л] твёрдый, хотя в литературном языке имя Владимир произносится с мягким [л’]. Это ещё одно свидетельство её народного, диалектного происхождения: в говорах твёрдость согласного перед гласным заднего ряда — норма. Таким образом, Валдохин — это «народный» вариант фамилии, которая могла бы звучать как Владохин или Владимиров, но закрепилась в той огласовке, в какой её произносили в конкретной местности.