Фамилия Ванчакова образована от просторечной формы канонического имени Иоанн — Ванчак. Иоанн, в переводе с древнееврейского «милость Божья», дал множество производных форм в русском языке: Иван, Ваня, Ванечка, а Ванчак — одна из региональных или диалектных вариаций, характерная для западных или южных говоров. Суффикс -ак в таких именах (ср. Петрак, Казак) придавал оттенок просторечности, а иногда и прозвищности — так могли называть человека в быту, в кругу семьи или на сельском сходе.

Модель фамилии указывает на её происхождение от отчества: Ванчак → Ванчаков → Ванчакова. По сути, это ответ на вопрос «чей?» — сын или дочь Ванчака. Скорее всего, основатель рода Ванчаковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды: именно в этих сословиях вплоть до XIX века сохранялась традиция использовать обиходные, «домашние» варианты крестильных имён, а не полные церковные формы.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев от имени Иван (Иванов, Иванцов), вариант Ванчаков встречается заметно реже. Это объясняется тем, что форма Ванчак не получила повсеместного распространения и закрепилась в отдельных локальных гнёздах. Ономастические словари (Б. Унбегаун, В. Никонов) упоминают подобные модели как типичные для северных и поволжских территорий, но без привязки к конкретному региону для этой фамилии данных нет.

Искать корни фамилии стоит в тех местах, где в переписях XVII–XVIII веков фиксировались Ванчаки — не как фамилия, а как личное именование или прозвище. Тогда же, при закреплении фамилий за крестьянскими и мещанскими родами, отчество Ванчаков могло перейти в наследственное.