Фамилия Вандижанов — одна из тех, чья основа не лежит на поверхности и требует обращения к языкам и культурам, лежащим за пределами привычного славянского имяслова. Если отбросить русский фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Вандижана), перед нами остаётся корень Вандижан. Это личное имя или прозвище, которое почти наверняка имеет тюркские или ирано-тюркские корни.

Наиболее правдоподобная версия связывает Вандижан с персидским словом «ванд» (بند), означающим «связь», «узел», «запруда», или с топонимом Вандижан — названием села в Иране (остан Исфахан). В таком случае прозвище могло указывать на человека, происходившего из этого места, или на того, кто занимался строительством запруд, мостов. В тюркских языках, испытавших влияние персидского, -джан — распространённый ласкательный суффикс («душа»), но в данном контексте он, скорее, часть сложного географического названия, чем уменьшительная форма.

Менее вероятна, но не исключена версия, что в основе лежит арабское имя Ванджан или его диалектный вариант. Однако отсутствие широко известных арабских антропонимов с таким корнем делает эту гипотезу слабой.

С точки зрения географии, фамилия Вандижанов — редкая и имеет чёткую региональную привязку. Она встречается преимущественно среди народов Северного Кавказа и Закавказья, особенно у лезгин и азербайджанцев. Это поддерживает версию о тюрко-персидском происхождении: фамилия могла возникнуть в среде, где смешивались иранские и тюркские языки, а затем закрепилась в горных районах Дагестана и Азербайджана.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда у народов региона начали фиксироваться наследственные фамилии по русскому образцу. Носитель прозвища Вандижан был, вероятно, уважаемым человеком в своём ауле, возможно, пришлым мастером или выходцем из иранских земель, чьё происхождение запомнили и передали в фамилии.