Фамилия Ваничек — чешского происхождения. Образована она от уменьшительной формы имени Вацлав, а точнее — от его краткого варианта Ванек. В чешском именослове Вацлав — одно из самых почитаемых имён благодаря святому Вацлаву, покровителю Чехии. Суффикс -ичек (-íček) в чешском языке — уменьшительно-ласкательный, он придаёт основе оттенок «маленький, младший» или просто выражает тёплое отношение. Таким образом, Ваничек — это «маленький Ванек» или «сын Ванека».

Фамилии с этим корнем в Чехии очень частотны: Ванек, Ванечек, Ваничек, Ваньковски. В русском языке или в украинском этот суффикс нехарактерен, поэтому носители фамилии Ваничек в славянских странах бывшего СССР — это, скорее всего, потомки чешских переселенцев. Чехи активно мигрировали в Российскую империю в XIX веке: одни — по приглашению правительства для развития сельского хозяйства (например, в Крыму и на Волыни), другие — как специалисты-пивовары, ремесленники, учителя. Фамилия могла немного изменить написание при записи в русских документах, но корень и суффикс сохранились.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ин, Ваничек застыла в исходной чешской форме — она не склоняется по падежам как типичная русская фамилия. Это сразу указывает на её иноязычное происхождение. Встретить Ваничеков можно и среди потомков чехов, осевших на Волыни, и среди тех, кто перебрался в Сибирь в ходе столыпинской реформы.

Есть и менее вероятная версия: в некоторых говорах польского и белорусского пограничья «ваничек» могло быть прозвищем от слова «ванька» — в значении «простак, недотёпа». Но эта гипотеза слабая, потому что суффикс -ичек для прозвищ в этих языках нехарактерен, а чешская модель образования с этим суффиксом — стандартная и хорошо документирована. Поэтому основная и правдоподобная версия — чешская, от имени Вацлав.