Фамилия Ваничкин — одна из тех, что образованы от просторечной, «домашней» формы имени Иоанн. В основе лежит имя Ваничка, которое в старину было ласкательным вариантом для Вани, а тот, в свою очередь, — народной формой церковного Иоанна. Имя Иоанн (с древнееврейского — «милость Божья») давалось при крещении, но в быту почти всегда заменялось на более привычное русскому уху: Иван, Ваня, а для самых близких — Ванечка или Ваничка.

Фамилия строится по простой и распространенной модели: к основе «Ваничк-» добавляется суффикс принадлежности «-ин». В русской традиции суффикс «-ин» указывал на родство: Ваничкин буквально означал «чей?» — сын Ванички, потомок человека, которого звали Ваничкой. Это типичная патронимическая фамилия, каких много в центральной России.

Интересно, что форма «Ваничка» встречалась реже, чем «Ванечка», поэтому фамилия Ваничкин — не самая распространенная среди «Ивановских» производных. Сравните: Ванин, Ваничкин, Ваньков, Ванюшин — все они идут от одного корня, но каждый фиксирует свою, местную или семейную, речевую привычку. В этом смысле Ваничкин — более редкий и колоритный вариант, чем обычный Ванин.

Точное место возникновения фамилии сейчас назвать сложно: процесс закрепления фамилий в крестьянской среде растянулся на несколько столетий и завершился лишь к концу XIX века. Однако ясно, что носители фамилии Ваничкины жили в тех регионах, где было принято «акающее» произношение и где имя Иван в быту дробилось на множество уменьшительных форм.