Фамилия Ваничкин восходит к каноническому мужскому личному имени Иоанн (в переводе с древнееврейского означает «милость Божья»). В основе фамилии лежит просторечная форма этого имени – Ваничка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ваничка, со временем получил фамилию Ваничкин.