Фамилия Ванючкин — наглядный пример того, как уменьшительно-ласкательная форма имени превратилась в устойчивое родовое прозвище. В основе лежит имя Ванючка — народная, «домашняя» версия канонического имени Иван. Суффикс -к- в русских именах придавал оттенок нежности или принадлежности к младшему члену семьи: Ваня → Ванька → Ванючка. Далее сработала стандартная модель русского фамильного суффикса -ин: Ванючкин буквально означает «сын Ванючки» или «человек из семьи Ванючки».

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твердый согласный (Иванов, Петров), суффикс -ин крепится к основам на -а/-я. Это одна из самых древних и распространенных моделей в северных и центральных русских землях. Фамилия Ванючкин географически тяготеет к регионам, где было сильно влияние новгородских и вятских говоров: встречается в Кировской, Нижегородской областях, в Удмуртии и Пермском крае. В этих местах имя Иван в форме Ванючка фиксируется в писцовых книгах XVII века.

Любопытно, что фамилия могла возникнуть и от прозвища, не связанного напрямую с именем. В диалектах русского языка слово «ванючка» иногда обозначало нечто дурно пахнущее — от глагола «ванькать» (издавать резкий запах). Однако эта версия менее вероятна: прозвище с таким негативным оттенком вряд ли закрепилось бы в качестве фамилии, тем более что форма на -чка по умолчанию ласкательная. Ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») относят подобные образования к типичным «патронимическим» от производных форм Ивана.

Социальный состав носителей фамилии — преимущественно крестьянский и мещанский. Ванючкины не принадлежали к дворянству: фамилия не встречается в «Бархатной книге» или родословных сборниках. Это «бытовая» фамилия, которая закрепилась за простыми людьми в эпоху, когда большинство русских обзаводились фамилиями окончательно — в XVIII–XIX веках после ревизских сказок.

В написании фамилии возможны варианты: Ванюшкин (через -шк-) — от формы Ванюшка, но Ванючкин с -чк- встречается реже и звучит более архаично. Если сравнить с однокоренными — Ванькин, Ванечкин, Ванюшин, — то Ванючкин сохраняет самую «детскую» уменьшительную форму, что может указывать на прозвище младшего сына в семье, которого так и звали в быту.