Фамилия Ванючко звучит как нечто среднее между украинским и польским вариантами. Это не случайно: её выдают суффикс и ударение. Ванючко — типичная фамилия западного региона, скорее всего, с территории современной Западной Украины или Беларуси, где были сильны польские влияния.

Разберём модель. В основе лежит имя Иван, в его уменьшительной форме Ваня. Но если в русском языке от «Ваня» мы получили бы фамилию Ванин (с суффиксом принадлежности -ин), то здесь работает другой механизм. Суффикс -чк- (в украинском и польском вариантах) — это уменьшительно-ласкательный. Он превращает имя в прозвище: Ванючко — это буквально «маленький Ваня», «Ванюшка». Конечное -о характерно для украинских фамилий на -ко, но в данном случае это не патронимический суффикс «сын» (как в Шевченко), а скорее застывшая форма обращения или прозвища.

Таким образом, предок носителя этой фамилии был, вероятно, младшим в семье, младшим сыном или просто человеком небольшого роста, которого в округе ласково звали Ванючко. Прозвище закрепилось и перешло в фамилию без дополнительных суффиксов — это так называемые «усечённые» или «бессуффиксные» фамилии, которые нередки в польской и украинской ономастике.

Интересно, что фамилия Ванючко почти не встречается в центральной России. Её ареал — это исторические земли Подляшья, Волыни или Галиции. Если искать аналоги, то это фамилии того же ряда: Иванюк, Иванчо, Ванько. Но Ванючко выделяется именно редким суффиксом -чк-, который в русском языке чаще даёт фамилии вроде Ваничкин (с притяжательным суффиксом), а здесь остался в первоначальной, «прозвищной» форме.