Фамилия Ваичкин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить вариант случайного искажения при переписи (например, от Васькин или Вайкин), то наиболее вероятная основа — диалектное прозвище или вариант имени.

Ключ к разгадке — суффикс -ин. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Ваичкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Ваичка. Само имя или прозвище Ваичка могло образоваться от канонического имени Варфоломей или Вавила через народную форму Вавичка, Ваичка. Арамейское имя Варфоломей («сын вспаханной земли») в русской простонародной среде сокращалось до Варфоломейка, Вахрамей, а затем до Ваха, Ваи. Вавила — имя древневавилонского происхождения, тоже давало уменьшительные формы вроде Вавка, Ваичка.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — прозвище от глагола «ваить» или «ваять» (в северных говорах — «вить, плести, делать что-то кропотливо»). В таком случае Ваичка — искусный мастер-плетельщик (лаптей, корзин, сетей). Однако слово «ваять» закрепилось за скульптурой, а в народной речи в значении «плести» встречалось редко, поэтому эта версия уступает первой.

Фамилия Ваичкин, скорее всего, имеет севернорусские или вологодские корни, где диалектное аканье и редукция гласных давали формы вроде «Ваичка» вместо «Воичка» или «Ваичко». Поскольку фамилия не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, её носители, вероятно, происходили из крестьян или посадских людей, получивших фамилию по отцу-Ваичке в конце XVIII — первой половине XIX века, когда фамилии закреплялись за крестьянскими семьями.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ваичев, Ваичков, а также более частыми Вавилов и Варфоломеев. Ваичкин стоит в этом ряду как самая редкая и фонетически сокращённая форма, сохранившая бытовое имя предка без книжного налёта.