Фамилия Ванишнин — редкий пример, в котором сталкиваются разные словообразовательные модели. Скорее всего, перед нами фамилия с суффиксом -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Ванишнин, то есть сын или потомок Ванишни. Но само слово «Ванишня» в литературном русском языке отсутствует. Здесь открывается простор для версий.

Первая и самая вероятная версия — диалектная или просторечная основа. В северных и сибирских говорах, а также в некоторых областях Поволжья слово «ваня» или «ванька» могло означать не только уменьшительное от имени Иван, но и, в переносном смысле, простака, дурачка, а иногда — ленивого или нерасторопного человека. Форма «Ванишня» могла возникнуть как прозвище с экспрессивным суффиксом -шн- (сравните: «какашня», «малышня»), то есть нечто вроде «сборища Вань» или «ватаги простаков». Однако такое собирательное значение для фамилии маловероятно. Вероятнее, что -шн- — это результат фонетического изменения: например, от прозвища Ваниша (с суффиксом -иш-) или от имени Ваниш (с суффиксом -иш-), которое в просторечии могло перейти в Ванишня. В этом случае фамилия означает «сын Ваниши» или «сын Ваниша», где основа — всё то же имя Иван в уменьшительной форме.

Вторая версия — связь с названием растения. В некоторых говорах «ванишня» могло быть искажённым «ваниль» или «ваниш» (от французского vanille), но это слишком экзотично для русской деревни. Куда реальнее: в основе лежит слово «ваниш» или «ванище» — так в ряде регионов называли большую ванну, корыто или даже банный чан. Прозвище Ванишня могли дать банщику, водовозу или человеку, который делал такие кадки. Но это лишь гипотеза, не подтверждённая массовыми данными.

Географически фамилия Ванишнин встречается крайне редко, в основном в центральных областях России и на Урале. Это говорит о том, что она могла возникнуть в одной локальной группе и не получила широкого распространения. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская — дворянские фамилии с таким нестандартным корнем почти не встречаются.

В итоге: Ванишнин — фамилия, образованная от прозвища или имени Ванишня (Ваниша), которое, в свою очередь, восходит к имени Иван. Это типичная «патронимическая» модель, но с редким суффиксальным оформлением, которое делает фамилию узнаваемой и непохожей на другие.