Фамилия Ванишева образована от просторечной формы канонического имени Иоанн — Ваниш. Иоанн в переводе с древнееврейского означает «милость Божья», а уменьшительно-ласкательный вариант Ваниш в народной среде закрепился как самостоятельное имя. Такие сокращения были типичны для повседневного обихода: от полного Иоанн возникали цепочки Иван → Ваня → Ваниш, где суффикс -иш придавал имени оттенок скорее ласковый, чем пренебрежительный.

По словообразовательной модели фамилия относится к типично русским на -ев, которые образуются от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или шипящий. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Ванишев — «сын Ваниша» или «из дома Ваниша». Аналогично построены фамилии Валишев, Денишев, Федишев.

Судя по просторечной основе, предки носителей фамилии были выходцами из рабочей или крестьянской среды, где полные церковные имена в быту заменяли домашними прозвищами. В официальных документах XVII–XIX веков крестьяне и горожане нередко записывались именно под такими усечёнными формами, что и закреплялось в фамилии.

Фамилия Ванишева — не слишком распространённая, её можно встретить в Поволжье и некоторых областях Центральной России. Встречается также вариант с ударением на второй слог — Вани́шева, что характерно для говоров с аканьем, где безударное «о» редуцируется. При этом написание через «а» в корне (Ванишев, а не Вонишев) указывает на севернорусское или среднерусское происхождение: в этих диалектах «о» в безударной позиции сохранялось, но со временем под влиянием литературной нормы закрепилось написание с «а».

Родственных фамилий, образованных от того же корня, несколько: Ваничкин, Ванин, Ваничев, Ваньков. Все они восходят к разным уменьшительным формам имени Иван.