Фамилия Ванишевский образована по типичной для польской и западнорусской шляхты модели: основа плюс суффикс -ский/-цкий. Такие фамилии указывали на родовое владение — поместье или местность, откуда происходил род. В основе лежит топоним Ванишево или Ванишев. Названий с таким корнем несколько: село Ванишево есть в Татарстане, деревни с похожими названиями встречаются в Беларуси и на западе России. Переносчик фамилии — человек, владевший таким поместьем или живший в нём.

Корень Ваниш- восходит к личному имени Ваня — уменьшительной форме от Иван. В славянской ономастике суффикс -иш- мог придавать оттенок принадлежности или увеличительности: Ваниш — «Ванин», то есть сын или человек Вани. В польском языке -isz (читается как -иш) — распространённый способ образования патронимов: Ваниш — прямой аналог русского Ваничев или Ванин. Таким образом, первичное прозвище или полуотчество Ваниш дало название поселению, а уже от него — фамилию Ванишевский.

Менее вероятна, но допустима версия от балтского корня van- (вода, болото) — тогда Ванишево могло быть «мокрым» местом. Однако для центральной России и Беларуси объяснение через имя Иван проще и надёжнее.

Фамилия не относится к числу массовых. В современной России она встречается рассеянно, без ярко выраженного очага. В XIX веке Ванишевские фиксировались в основном среди мелкопоместной шляхты западных губерний и однодворцев. Часть носителей могла быть крещёными татарами или выходцами из смешанных русско-татарских сёл, где топоним Ванишево сохранил тюркский суффикс принадлежности -иш. Но в любом случае фамилия книжная: её носили люди грамотные, состоявшие на службе или владевшие землёй.