Фамилия Ваниковский — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов или -ин, суффикс -ский указывает на географическую или топонимическую основу: такую фамилию обычно получал человек, владевший землёй или живший в местности, от которой образовано название. Однако с корнем «Ваник-» всё сложнее.

Самый вероятный вариант — связь с личным именем Иван. В некоторых диалектах и уменьшительных формах имя Иван могло звучать как «Ваник» (ср. распространённые на Украине и в Белоруссии формы Вано, Ваник). Тогда Ваниковский — это «тот, кто происходит от Ваника», то есть сын или потомок человека по прозвищу Ваник. Суффикс -ский в таком случае придавал фамилии оттенок дворянского или шляхетского происхождения, но на практике его часто давали и крестьянам, переселившимся из другого села.

Вторая версия, менее очевидная, — корень может быть связан с армянским именем Ваник (уменьшительное от Ваан, Ваграм) или с тюркским словом «ваник» (в некоторых говорах — «болтун», «пустомеля»). В пользу армянского происхождения говорит распространённость фамилий на -ский среди армянской знати, переселившейся в Россию. Но для русского уха «Ваник» звучит скорее как просторечное сокращение от Иван.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой — современным Беларуси, Украине и восточной Польше. Там модель образования фамилий от прозвищ и имён с суффиксом -ский была особенно популярна среди мелкой шляхты. В России Ваниковские встречаются редко, чаще в центральных областях и на юге, куда переселялись выходцы с запада.

Таким образом, носитель фамилии Ваниковский с высокой вероятностью имеет предка, которого в быту звали Ваник (Иван), а сама фамилия закрепилась за его потомками либо по месту жительства в деревне Ваники (если такая существовала), либо как указание на принадлежность к роду Ваников. Точная топонимическая привязка не установлена — ни один крупный населённый пункт с таким названием в современных атласах не значится.