Фамилия Ванникова — женская форма фамилии Ванников. В её основе лежит либо прозвище, либо профессиональное имя, и здесь есть несколько версий, каждая со своей логикой.

Самая прямая и убедительная версия — от слова «ванна». Ванниковым могли прозвать человека, который имел отношение к банному делу: содержателя бань, банщика или мастера, делавшего купели и ванны. В русских говорах «ванна» могла означать не только ёмкость для мытья, но и чан, кадку, что расширяет круг возможных занятий предка. Слово «ванна» пришло к нам из немецкого (Wanne), но в быту закрепилось прочно, и фамилии от него не редкость, хотя встречаются реже, чем, скажем, Банниковы или Кузнецовы.

Вторая версия — от имени или прозвища Ваня, то есть уменьшительной формы от Иван. По этой модели образованы фамилии Ванин, Ванюков, Ваньков. Но Ванников — случай нестандартный: суффикс -ник редко присоединяют к личным именам напрямую. Обычно от имени сначала образуют прозвище с суффиксом -ник (например, Ванник — «тот, кто связан с Ваней»: слуга, работник или, наоборот, назойливый человек), а уже от него — фамилию. Такая цепочка возможна, но менее типична.

Третья, более редкая версия — от слова «ванна» в значении «мера жидкости» или «сосуд». В некоторых регионах «ванной» называли бочку или большой чан. Прозвище Ванник мог получить бондарь, изготовлявший такую тару, или торговец, меривший товар ваннами. В этом случае фамилия указывает на ремесло, связанное с ёмкостями и жидкостями.

Фамилия Ванникова — не самая распространённая, но и не единичная. Встречается в центральных областях России, на Урале и в Сибири, куда переселенцы приносили свои прозвища. Вариантов написания с одной «н» (Ваникова) практически не бывает — двойная «н» держится устойчиво, что подтверждает связь с «ванной» или «Ванником», а не с простым «Ваней».

Если опираться на частотность словообразовательных моделей, версия с банным делом выглядит правдоподобнее всего. Но окончательный ответ дал бы только архивный документ: запись о первом носителе фамилии в писцовой книге или ревизской сказке.