Фамилия Ванышев — яркий пример того, как географическая привязка помогает понять происхождение, даже если корень на первый взгляд неочевиден. В основе лежит имя или прозвище Ван, Вана, Ваня — это краткая форма от канонического имени Иван. Однако в русской ономастике фамилии на -ышев встречаются нечасто, и их ареал обычно указывает на северные или волжские территории, где был распространён суффикс -ыш- для образования прозвищ (например, Малышев, Голышев). Ванышев, скорее всего, образована от прозвища Ваныш — «маленький Ваня» или «Ваня, сын Вани». То есть это не просто отчество, а ласкательно-уменьшительная форма, закрепившаяся за родоначальником.

Если копнуть глубже, есть версия, что основа могла быть и не славянской. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, встречается имя Ван или Ваныш, которое восходит к арабскому «вани» — «верный», «преданный». В Поволжье и Приуралье фамилии с таким окончанием (-ышев) нередко фиксируются у татар и башкир, принявших православие. Тогда Ванышев — это русифицированная форма тюркского отчества: «сын Ваныша». Спор между двумя версиями решается просто: если фамилия бытует в центральных русских областях, скорее всего, это «Ваныш» от Ивана; если в Татарстане или Башкирии — тюркский след.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: чей? — Ванышев. Это типичная патронимическая модель, но редкая для русского языка, что делает фамилию маркером определённого региона. В документах XVII–XVIII веков подобные фамилии встречаются среди крестьян и однодворцев южных уездов, но массово не фиксируются. Сейчас Ванышевы — это небольшая, локальная фамилия, не размножившаяся до уровня Ивановых. Носители её, скорее всего, происходят из одного или двух гнёзд, где предок носил прозвище Ваныш.