Фамилию Ванышева образовали от имени Ваныш — одной из множества народных уменьшительных форм имени Иван. Имя Иван, восходящее к каноническому Иоанн, означает «милость Божья» (с древнееврейского). На русской почве оно дало десятки производных: от привычных Ваня, Ванечка до редких Вантора, Вантяха, Ванура и, собственно, Ваныш. Суффикс -ыш в данном случае характерен для просторечных, ласкательных или фамильярных форм имени. Скорее всего, основатель рода Ванышевых был человеком из простого сословия, где такие сокращения бытовали в повседневном общении.

Сама фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Ваныш добавили суффикс -ев (после шипящего пишется -ев, а не -ов). Фамилии на -ев/-ов традиционно указывали на принадлежность: «чей?» — Ванышев, то есть сын или потомок Ваныша. Женская форма Ванышева — это грамматическое изменение по роду, а не отдельная фамильная ветвь.

Интересно, что несмотря на широкую распространённость имени Иван, форма Ваныш встречается в источниках нечасто. Это делает фамилию относительно редкой и указывает на конкретную региональную или семейную традицию имянаречения. В ономастических словарях (например, в работах Б. Унбегауна) подобные образования рассматриваются как характерный признак восточнославянского антропонимикона, где уменьшительные имена становились основой для фамилий крестьян и посадских людей. Таким образом, фамилия Ванышева хранит память о конкретном человеке, которого в быту звали не полным именем, а коротко и по-свойски — Ваныш.