Основой фамилии Ванышева послужило имя Ваныш. Имя Ваныш является производной формой имени Иван (каноническая форма Иоанн), которое в переводе с древнееврейского языка означает «милость Божья». От имени Иван было образовано множество уменьшительных форм: Ивась, Иваш, Ваня, Ванечка, Ванюта, Ванята, Ванюга, Вантей, Вантора, Вантяха, Ванура, Ванчуг, Ванчур, Ваныш и другие. Скорее всего, основатель рода Ванышевых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ваныш, со временем получил фамилию Ванышева.