Фамилия Ваннэ — редкий случай, когда фамилия не переделывалась под русскую грамматику, а сохранила иноязычное окончание. В русской традиции фамилии на -э, -о, -у обычно не склоняются и указывают на нерусское происхождение носителя. Ваннэ — скорее всего, фамилия французского или, реже, немецкого корня, попавшая в Россию через дворянские или эмигрантские линии.

Наиболее вероятная версия: французская фамилия Vannet или Vanney, записанная по-русски как Ваннэ. В основе лежит топоним Ванн (Vannes) — город в Бретани, на северо-западе Франции. Фамилия могла означать «выходец из Ванна» или «живущий вблизи Ванна». Такие фамилии по месту жительства (топонимические) типичны для французского ономастикона: человек получал прозвище по названию родного города или деревни. Ваннэ могла закрепиться за потомками французских мастеров, офицеров или учителей, приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках.

Менее распространённая версия — немецкая основа. В немецком языке есть фамилия Wanne (от слова «ванна», «купель» или от названия местности Ванне-Айкель), а окончание -э могло быть русифицированной формой. Однако для немецких фамилий типичнее окончания -ер, -ман, -берг, поэтому французский вариант надёжнее.

В русских документах фамилия Ваннэ встречается крайне редко. Основные носители — потомки обрусевших французов, живших в Санкт-Петербурге и Москве, а также в дворянских усадьбах. В советское время фамилия не исчезла, но осталась малочисленной. Учитывая редкость, каждый случай её бытования — след конкретной семейной истории, часто связанной с иммиграцией или службой в России.

По написанию фамилия стоит в ряду других «застывших» иноязычных форм: Дюма, Бизе, Гюго. Ваннэ не получила суффикса -ов или -ин, потому что не прошла полную русификацию — её носители, вероятно, долго сохраняли французское самосознание или фамилия была записана в метриках уже в готовом виде.