Фамилия Ванус — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение вызывает вопросы, потому что в ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ев или -ин, которые обычно указывают на принадлежность отцу. Скорее всего, это фамилия искусственная или семинарская, то есть полученная в духовных училищах и семинариях.

В среде русского духовенства в XVIII–XIX веках было принято давать будущим священникам благозвучные фамилии, часто на латинский или греческий манер. Фамилия Ванус могла быть образована от латинского слова vanus — «пустой, тщеславный, суетный». В семинарской среде такие «говорящие» фамилии давали либо как намёк на характер ученика, либо просто для красоты звучания. Вариант с латинским корнем выглядит правдоподобнее всего, поскольку в России встречаются аналогичные семинарские фамилии: Ванцов, Ванский, а также более прямые — Ванитас (от лат. vanitas — «суета»).

Есть и другая версия, менее вероятная: фамилия могла попасть в Россию с запада. В прибалтийских и немецких землях существовала фамилия Wahnus или Wahnuss, которая восходит к средневерхненемецкому wahn — «надежда» или «ожидание». Однако для русского контекста такая этимология спорна: носителей фамилии Ванус в Германии или Прибалтике крайне мало, и большинство современных русских Ванусов — это потомки крестьян или мещан центральных губерний, а не переселенцев.

Морфологически фамилия стоит особняком: окончание -ус нехарактерно для исконно русских фамилий, но регулярно встречается у семинарских (например, Гиацинтов, Модестов, Виноградов — здесь суффикс -ов, но были и чистые латинизмы вроде Адонис, Каллист). Фамилия Ванус могла закрепиться в форме без суффикса, как прямой латинизм, что делает её редкой даже среди духовных фамилий.

Встречаемость фамилии сегодня — единичные случаи, преимущественно в России и на Украине. География не даёт чёткой привязки к какому-то одному региону, что тоже косвенно подтверждает версию об искусственном происхождении: такие фамилии не «вырастали» из прозвища в одной деревне, а раздавались ученикам духовных училищ из разных мест.