Фамилия Ванаус — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, перед нами фамилия искусственная или книжная, а не крестьянская, образовавшаяся от прозвища или имени. В русской традиции фамилии на -ус чаще всего встречаются у выходцев из духовного сословия. Семинаристам нередко давали фамилии, образованные от латинских или греческих слов по церковному календарю, от названий праздников или просто красиво звучащие. Ванаус может быть переделкой латинского vanus — «пустой, тщетный, суетный». В таком случае фамилию могли дать как назидательное имя, в духе семинарских «Благонадеждин» или «Смиренномудров», но с отрицательным оттенком — чтобы напоминать о суете мирской жизни.

Вторая версия, менее вероятная, — фамилия могла возникнуть из немецкого или прибалтийского прозвища. В немецком есть фамилия Wannaus или Wannau, а Vanaus могла быть её русифицированной формой. В таком случае корень, возможно, связан с топонимом — названием места, где жил предок. Но в пользу первой гипотезы говорит сам суффикс -ус, который в русских фамилиях почти всегда указывает на семинарское или учёное происхождение (сравните: Амалицкий, Велеурский, Касаткин — и фамилии на -ус: Ванаус, Манаус, Тринус).

Географически фамилия Ванаус встречается в основном на северо-западе России, в Петербургской и Псковской губерниях, что тоже косвенно подтверждает её книжное происхождение: семинаристы из этих мест могли получить такую фамилию при окончании духовного училища. В крестьянской среде она не фиксируется, что делает её носителей, скорее всего, потомками людей из духовного сословия или, реже, из мелкопоместных дворян, получивших фамилию по латинскому корню.

Однокоренных фамилий у Ванаус почти нет. Можно вспомнить разве что фамилию Ванаев, но она образована от имени Ваня (Иван) и никак не связана с латинским корнем. Таким образом, Ванаус — яркий пример редкой фамилии, которая не описывает внешность или занятие предка, а несёт в себе отпечаток образовательной среды XIX века, где латынь была языком науки и церкви.