Фамилия Ванацкая — одна из тех, что образована от уменьшительной формы имени Иван, самого распространённого в истории русского именослова. Исходное имя Иван (каноническая форма Иоанн) в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». От него возникло множество производных: Ивась, Иваш, Ваня, Ванечка, Ванюта, Ванята, Ванюга. Имя Ванак, от которого пошла фамилия, — как раз одна из таких разговорных, уменьшительных форм, бытовавших в народной среде.

Суффикс -цк(ий) в фамилии Ванацкая указывает на её происхождение от географического названия. Это типичная модель для фамилий, которые давали по названию местности: Ванак могло стать именем села или усадьбы, а владельцы или выходцы оттуда получали прозвание «Ванацкие». В польской и западнорусской ономастике такие фамилии на -ский/-цкий особенно характерны для шляхты или духовенства, но в русской среде они со временем распространились и среди других сословий.

Основатель рода Ванацких, судя по имени-основе, был человеком из простого сословия — имя Ванак носило домашний, неофициальный характер. Но фамилии на -цкий фиксировали принадлежность к определённому месту, а не к социальному слою, поэтому точное сословие предков можно установить только по архивным записям. Процесс формирования фамилий был длительным, и окончательно говорить о времени и месте возникновения рода Ванацких можно лишь на основании глубоких генеалогических изысканий.

Особенность фамилии — её редкая огласовка. В отличие от распространённых Ванецкий или Ванинский, форма Ванацкая сохранила архаичный корень Ванак, который почти не встречается в современных фамилиях. Это делает её ценной для историков языка: она фиксирует ту стадию развития имени, когда суффикс -ак ещё активно участвовал в образовании личных имён.