Мужское крестильное имя Иоанн (русская форма - Иван) в переводе с древнееврейского языка означает «милость Божья». В основу же фамилии Ваняева легла одна из его производных форм - Ваняй. Среди святых покровителей этого имени самым почитаемым считается Иоанн Креститель (Предтеча), предсказавший пришествие мессии, и апостол Иоанн Богослов, автор Евангелия и Книги Откровения. Скорее всего, основатель рода Ваняевых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ваняй, со временем получил фамилию Ваняева.