Фамилия Ваняев образована от имени собственного и относится к распространённому типу русских фамилий. В её основе лежит одна из народных, разговорных форм церковного имени Иоанн — Ваняй. Само имя Иоанн (в русском обиходе — Иван) переводится с древнееврейского как «милость Божья» и принадлежит к числу самых частых крестильных имён на Руси. Среди святых покровителей этого имени — Иоанн Креститель (Предтеча), предсказавший пришествие мессии, и апостол Иоанн Богослов, автор Евангелия и Книги Откровения.

Словообразовательная модель здесь проста и типична: суффикс -ев присоединился к основе Ваняй, указывая на принадлежность («чей?» — сын Ваняя). Такой способ формирования фамилий от уменьшительных или обиходных вариантов имён был особенно распространён в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись. Форма Ваняй — не единственная производная от Ивана: к тому же корню восходят, например, фамилии Ванюков, Ванеев, Ваньков. Каждая из них фиксирует свой вариант произношения, бытовавший в конкретной местности.

О точном месте и времени возникновения фамилии Ваняев говорить сложно — процесс формирования фамилий был длительным и шёл неравномерно. Однако можно предположить, что носители этой фамилии происходят из регионов, где диалектная форма Ваняй была в ходу: такие варианты имени встречаются в северных и центральных говорах. В переписных книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков Ваняевы могли записываться как крестьяне, однодворцы или мещане — сословная принадлежность зависела от губернии.

Несмотря на внешнюю простоту, фамилия Ваняев — не просто производное от имени Иван. Она запечатлела живую, нелитературную речь прошлого, ту самую, что звучала в повседневном общении, а не в церковных записях. В этом её ценность как памятника славянской письменности и культуры: за каждым Ваняевым стоит не абстрактный «милость Божья», а конкретный человек, которого в своей среде звали Ваняем.