Фамилия Ванюнькин — нечастая и звучит по-домашнему, почти как уменьшительное имя. На первый взгляд кажется, что в основе лежит Ваня, но суффикс -юньк- указывает на более сложную и старую словообразовательную цепочку. В русских фамилиях суффикс -ин (Ванюнькин) обычно присоединяется к основе, оканчивающейся на -а или -я. Значит, исходной формой было имя или прозвище Ванюнька.

Ванюнька — это ласкательная форма от канонического имени Иван. Если обычные Ваня, Ванька, Ванечка встречаются повсеместно, то форма с суффиксом -юньк- (Ванюнька) — более редкая и диалектная. Такие уменьшительные имена (Петюнька, Мишунька, Ванюнька) были особенно распространены в северных и северо-восточных говорах России, в Вологодской, Архангельской, Вятской губерниях. Именно там фамилия Ванюнькин могла возникнуть и закрепиться.

Сам суффикс -юньк- придаёт имени оттенок нежности и даже некоторой умилительности. В крестьянской среде, где фамилии часто образовывались от уличных или домашних прозвищ, такое имя могло принадлежать младшему сыну, любимцу или просто человеку небольшого роста и мягкого нрава. Фамилия буквально означает «чей?» — сын Ванюньки, потомок человека, которого в семье или в деревне звали именно так.

Стоит отметить, что фамилия на -ин, а не на -ов, тоже говорит о древности: она образована от имени, оканчивающегося на -а, что типично для прозвищ и уменьшительных форм. Ванюнькин — не дворянская и не купеческая фамилия, а типично крестьянская, возникшая в среде, где фамилии давали по отцу или по деду, используя его обиходное, а не полное имя. По данным переписей, носители этой фамилии и сегодня чаще всего встречаются в Кировской области и Пермском крае — то есть в зоне бывшего расселения вятских и пермских крестьян, где такие диалектные формы хорошо сохранялись.