Фамилия Васюнькин — один из тех случаев, когда разбор морфологии сразу даёт ответ на главный вопрос. Она образована по архаичной русской модели «имя + суффикс -ин»: от личного имени Васюнька. Васюнька — это просторечная, уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Василий. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: Васюнькин буквально означает «сын Васюньки» или «человек из рода Васюньки».

Ключевая деталь, которая отличает эту фамилию от десятков других «Васильевых», — суффикс -юньк- в основе. Это редкий вариант уменьшительного суффикса, который встречается в северных и северо-западных говорах (Архангельская, Вологодская, Псковская области). Васюнька — более мягкий и «домашний» вариант, чем, скажем, Васька или Васюня. Если бы фамилия была образована от полного имени, мы имели бы Васильева. Если от формы Васька — Васькина. А Васюнькин — маркер того, что предка в быту звали именно ласково, и эта форма закрепилась в официальном прозвище.

По сословной принадлежности фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянские фамилии редко образовывались от таких «домашних» форм, особенно с двойным уменьшительным суффиксом. В документах XIX века Васюнькины встречаются в основном среди государственных крестьян и в ремесленных слободах центральной России и Поволжья, но массовой географии нет — фамилия остаётся довольно редкой.

Спорных версий здесь почти нет. Иногда пытаются возвести Васюнькина к прозвищу от слова «васюн» (диалектное название какого-то животного или рыбы), но это натяжка. Подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано от имён, и Васюнькин — типичный, хоть и нечастый, представитель этой модели. Если искать однокоренные параллели, это Васюков, Васюнин, Васюточкин — все они от разных производных одного и того же Василия.