Фамилия Васюнькина образована от имени Васюнька — уменьшительно-ласкательной формы одного из самых распространённых на Руси имён Василий. Греческое по происхождению имя Василий значит «царский, царственный», но в народной среде оно давно утратило этот высокий оттенок и превратилось в обычное, даже простонародное. Суффикс -к- в основе Васюньк- придаёт имени фамильярно-ласковый оттенок: так в семье или среди соседей могли называть Василия, особенно молодого или невысокого ростом.

В словообразовательном плане перед нами модель на -ин: такие фамилии обычно давали по имени отца или главы семьи. Васюнькин — буквально «сын Васюньки», то есть потомок того, кого в быту звали Васюнькой. Женская форма Васюнькина закрепилась за замужней женщиной или вдовой, реже — за дочерью, когда фамилию записывали по отцу.

Интересна география этой фамилии. В отличие от массовых Васильевых и Васькиных, Васюнькины встречаются реже и заметно привязаны к центральным и южным регионам России — особенно к бывшим Тамбовской и Воронежской губерниям. Там форма Васюнька была в ходу как местный вариант имени, не вытесненный литературным Вася. Это даёт основание предполагать, что фамилия возникла в крестьянской или мещанской среде, где именование по отцу записывалось именно в той форме, в какой его произносили в быту.

Спорных версий у фамилии почти нет. Иногда её путают с Васюнкиной, но разница в суффиксе: -к- против -н- — разные уменьшительные модели. Васюнька образована от основы Васюн- (тоже от Василий) с суффиксом -к-, а Васюнкина — от Васюнка с тем же суффиксом -ин. По сути, это варианты одного корня, но фонетически Васюнькина звучит мягче, «домашнее».

Известных носителей фамилии в открытых источниках немного, что только подтверждает её локальный, недворянский характер. Это фамилия, которая не «вышла в люди» через титулы или славу, а осталась в глубинке, сохранив живую народную речь в своём звучании.