Фамилия Вапыа — один из тех редких случаев, когда русское ухо слышит в окончании не типичный суффикс, а иноязычный корень. Если отбросить версию о случайном искажении при переписи (что маловероятно для устоявшейся фамилии), то наиболее правдоподобное объяснение лежит за пределами славянской ономастики. Фамилия с таким финалом (-ыа, -иа) характерна для народов Кавказа, особенно абхазо-адыгской группы. В абхазском языке суффикс -ыа/-иа часто указывает на принадлежность к роду или местности. Соответственно, основа «Вап» может быть вариантом передачи родового имени или прозвища. В абхазской среде фамилии, оканчивающиеся на -ба (Лакоба, Ардзинба) — самые распространённые, но встречаются и более редкие модели, где конечный гласный звук при русификации мог закрепиться как «-а». Это не типичная русская фамилия, возникшая из прозвища или профессии, а, скорее всего, пример того, как фамилия из другого языка адаптировалась в русской среде, сохранив свой оригинальный звуковой облик. Версия о происхождении от греческого корня (сравните с фамилией Ваппас) менее вероятна из-за географической привязки: массовое бытование таких фамилий фиксируется в Краснодарском крае и Абхазии, что указывает на северокавказский след. Таким образом, предки носителя фамилии Вапыа, скорее всего, происходят из среды абхазов или родственных им народов, а сама фамилия — это русифицированная запись родового имени, где корень «Вап» мог означать либо личное имя предка, либо топоним.