Фамилия Варахалин — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку с первой же буквы. Корень «варах» не встречается в списке распространённых русских основ, поэтому искать объяснение стоит не в словарях древнерусского языка, а в диалектах, заимствованиях или в искажённом звучании другого слова.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Варахало. В русских говорах, особенно на Севере и в Сибири, словом «варакать» называли болтать, говорить вздор, а «варакуша» — пустомеля или птица-пересмешник. Отсюда «варахало» могло означать человека говорливого, крикливого или того, кто много суетится без толку. Формант «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Варахалин, то есть сын или потомок Варахалы.

Есть и другая, менее очевидная версия. Фамилия могла возникнуть на стыке культур, например, в среде тюркских народов или старообрядцев, где «варах» — искажённое арабское «варах» (бумага, лист) или диалектное «варахать» (пачкать, марать). В таком случае прозвище Варахала мог получить писарь, переписчик книг или, наоборот, неряшливый человек. Но эта гипотеза слабее: для неё нет массовых подтверждений в русской ономастике.

Географически фамилия редкая, встречается точечно — в основном в центральных областях России и на Урале. Суффикс «-ин» типичен для фамилий, образованных от слов с окончанием на -а, -я (сравните: Балалайкин, Молчалин). Сословной привязки нет: Варахалины могли быть и крестьянами, и мещанами, и казаками — фамилия не даёт подсказки о знатности.

Варахалин — не фамилия из списка «понятных с первого взгляда». Её разбор требует обращения к живой народной речи, где слово могло звучать и означать совсем не то, что мы привыкли видеть в книгах.