Фамилия Вараховский — один из тех редких случаев, когда географическая привязка оказывается надёжнее лингвистической. Скорее всего, её основа — топоним Варахово или Вараховка. Такие названия встречаются в восточноевропейских землях, бывших в составе Речи Посполитой, — на территории современной Беларуси, Украины или восточной Польши. Суффикс -ский в этой модели указывает на дворянское или шляхетское происхождение: так оформляли фамилии владельцев поместий или выходцев из определённого села. Поэтому носитель Вараховского — человек, чей предок владел деревней Варахово либо переселился оттуда.

Корень Варах- менее прозрачен. В славянских языках нет слова «варах» в прямом значении, но есть версия, что это адаптация еврейского или идишского имени. Варах (Борух, Берах) — «благословенный» на иврите. Фамилии на -ский среди еврейского населения Восточной Европы тоже встречались, особенно в XIX веке, когда многим давали «польские» окончания для ассимиляции. Правда, в этом случае логичнее была бы форма Бараховский или Боруховский, а Вараховский — результат местного произношения или записи в метриках.

Третья, менее вероятная гипотеза — связь с тюркским «варах» (бежать, спасаться) или с русским диалектным «варакать» (делать кое-как, пачкать). Но для фамилии в дворянском формате -ский эти основы слишком грубы и бытовы — их обычно оставляли для прозвищных фамилий вроде Варакин или Варахин.

Фамилия редкая. В дореволюционных справочниках она почти не фиксируется, в советских городах встречается единично. Это говорит о том, что род был немногочисленным, а после революции — рассеянным. По сословной принадлежности: если верна топонимическая версия — мелкопоместная шляхта или однодворцы; если еврейская — мещане или купцы, жившие в черте оседлости.

Единственное, что можно сказать наверняка: фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ский, а её основа — либо название места, либо личное имя, которое в русской записи потеряло первоначальный вид.