Фамилия Вардуни — одна из тех, где за коротким звучанием скрывается сразу несколько возможных историй, и каждая ведёт в разную сторону. Словообразовательная модель тоже неочевидна: окончание -и в русском контексте нетипично для фамилий, что сразу намекает на иноязычное происхождение.

Самая распространённая гипотеза отталкивается от румынского слова «варда» — «берегись, прочь». Такое прозвище могли дать человеку вспыльчивому, с которым окружающим советовали держаться осторожнее. В пользу этой версии говорит и то, что на территории современной Молдовы и соседних областей Украины фамилии с похожей основой встречаются, хотя и редко.

Другая версия уводит в польский язык, где warda означает «левша». Здесь прозвище уже не про характер, а про физиологическую особенность — предок мог быть леворуким, и это стало его отличительным признаком, закрепившимся в фамилии.

Третий вариант — армянский след. Имя Вардан переводится как «награда», а его диалектная форма Вардун могла лечь в основу фамилии. В таком случае Вардуни — это, скорее всего, «потомок Вардуна», и имя давали долгожданному, горячо любимому сыну. Именно эта версия выглядит наиболее убедительной с точки зрения словообразования: суффикс -уни характерен для армянских фамилий (сравните с фамилиями Арутюнян, Манукян, где -ян — патронимический суффикс, а -уни — его вариант, указывающий на принадлежность к роду). В русском языке фамилия Вардуни не получила типичных славянских суффиксов -ов или -ин, что и сохранило её исходную армянскую форму.

Таким образом, хотя румынская и польская версии имеют право на существование, армянская гипотеза объясняет не только значение, но и саму структуру фамилии. В любом случае, носители Вардуни могут с равной вероятностью вести род от вспыльчивого человека, левши или того, кого считали наградой.