Фамилия Варнелите — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ите сразу выдаёт нерусское, скорее всего, литовское или жемайтийское происхождение. В литовском языке суффикс -ите (-ytė) — типичный патронимический показатель для женских фамилий, обозначающий дочь или потомка по отцу. Мужской аналог в литовском — -итис (-ytis) или -аттис (-attis). Таким образом, Варнелите — это фамилия, образованная по литовской модели: корень Варнел- (Varnel-) плюс суффикс принадлежности -ите.

Корень Варнел- восходит к литовскому слову varna — «ворона». В литовской антропонимике прозвища от названий птиц (Varnas, Varnelis) были распространены: ворона могла символизировать либо внешнюю черту (тёмные волосы, чёрные глаза), либо повадку (крикливость, осторожность). Уменьшительная форма Varnelis — «воронёнок, маленькая ворона» — могла дать прозвище младшему в роду или человеку с соответствующими качествами. Фамилия Варнелите, следовательно, означает «потомок Варнелиса» или «дочь Варнелиса» (где Варнелис — мужское прозвище или фамилия).

Географически такая фамилия почти наверняка привязана к территории Литвы, в частности к Жемайтии или Аукштайтии, где патронимические формы на -ите особенно типичны. В русском контексте фамилия могла появиться через переселение, брак или русификацию литовских дворянских и крестьянских родов в XIX–XX веках. Важный нюанс: в русской среде окончание -ите не склоняется по падежам (в отличие от литовского языка, где оно изменяется), и носители часто сталкиваются с тем, что фамилию воспринимают как иностранную.

Спорных версий у этой фамилии практически нет: литовская основа очевидна благодаря суффиксу и корню. Сравнение с однокоренными русскими фамилиями (Воронов, Воронец) показывает разницу моделей: русские фамилии строятся на притяжательных суффиксах -ов/-ев, а литовские — на патронимических -ите/-итис. Если искать параллели среди литовских фамилий, то Варнелите стоит в одном ряду с Бальчите (от balta — белый) или Каваляускайте (от kavalierius — кавалер), то есть это типичная женская форма от мужской фамилии на -ис.

Социальный контекст: в Литве такие фамилии до начала XX века были в основном у крестьян и мелкой шляхты, реже у городских ремесленников. Дворянские роды чаще носили фамилии на -скис (-skis). Для носителя фамилии Варнелите это означает, что его предки, скорее всего, были литовскими крестьянами или мещанами, а фамилия закрепилась в том виде, в каком её записали в метрические книги при русификации — обычно с сохранением литовского окончания, без добавления русского суффикса.