Фамилия Варнин образована от прозвища Варня, которое восходит к аналогичному нарицательному. Даля это слово трактуется как «место или заведение, где варилось пиво и мед». Исходя из этого, можно предположить, что родоначальник Варниных был рабочим на пивоварне. Так и прозвище Варня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Варнин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Варня, со временем получил фамилию Варнин. Так, в Книге памяти Республики Удмуртия упоминается староста церковного совета Варнин Лаврентий Ефимович, родившийся в 1870 году в деревне Калачиги Богородского района Кировской области.