Фамилия Варницин происходит от прозвища или профессии Варник. Варником в южных и центральных губерниях России называли человека, занятого вываркой соли: он работал на варнице — солеварне. Профессия была тяжёлой и опасной, но в местах добычи соли (Прикамье, Приуралье, Поволжье) варники составляли целые династии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Варницин, то есть сын Варника.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах «варником» могли назвать человека, который варит пиво, брагу или занимается любым варением — например, смолы или дёгтя. Однако солеварная версия выглядит убедительнее, поскольку слово «варница» чётко закреплено в исторических документах и диалектах, а профессия была массовой.

Фамилия редкая и географически привязана к регионам старой соледобычи. Если искать её корни, скорее всего, предки жили в Пермской, Вятской или Нижегородской губерниях — там, где в XVII–XIX веках работали частные и казённые солеварни. Варницин — не дворянская фамилия, а типичная для крестьянского или посадского сословия, закрепившаяся после отмены крепостного права, когда бывшие солевары получили паспорта с родовым именем.

Однокоренные фамилии — Варников, Варничев, Варнаков — тоже встречаются, но Варницин выделяется суффиксом -ицин, который иногда путают с -ин. На самом деле это вариант того же патронимического суффикса, возникший из-за мягкого произношения основы: Варник → Варницин (так же, как от Кузьма — Кузьмин).