Фамилии Варницын образована от прозвища Варница. Оно берет начало от нарицательного «варница» со значением «солеварня – место, где из природного рассола вываривается соль». Вероятно, именование Варница относится к профессиональным и указывает на род занятий его обладателя. Так могли назвать того, кто занимался солеварением. Так и прозвище Варница закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Варницын. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Варница, со временем получил фамилию Варницын.