Фамилия Варницкий — один из тех случаев, когда географическое название и прозвище сливаются воедино, а суффикс -цк- выдаёт дворянское или шляхетское происхождение. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, модель на -ский/-цкий в XVI–XVII веках чаще всего указывала на владение землёй или место рождения: Варницкий буквально значит «тот, кто из Варницы» или «варницкий житель».

Главная загадка — что такое «Варница». В древнерусском языке варница — это солеварня, место, где вываривали соль из рассола. Такие промыслы были широко распространены на Русском Севере, особенно в Соликамске, Тотьме, Старой Руссе. Если предок носил прозвище Варник (солевар) или жил при варнице, то его потомки легко могли получить фамилию Варницкие. В польском языке слово warzelnia тоже означает варочный цех, а суффикс -nicki типичен для польских фамилий, образованных от названий профессий (ср. Kuźnicki, Piwnicki). Так что возможна и западнорусская или польская ветвь: Варницкий — потомок варника, солевара.

Есть и менее очевидная версия: Варница могла быть топонимом — название села или урочища. В Беларуси и на Украине встречаются деревни Варница, Варничи. В таком случае фамилия — чисто топонимическая, по месту выхода. Спор между версиями решается просто: обе правдоподобны, но профессиональная основа (солевар) встречается в источниках чаще, чем редкий топоним. Словарь Б. Унбегауна относит фамилии на -цкий к числу тех, что нередко давались духовенству при поступлении в семинарию — по названию родного села. Однако для Варницкого это маловероятно: в семинарской среде чаще брали более «благозвучные» топонимы (Рождественский, Троицкий), а не прозаичные промысловые.

В написании фамилия устойчива: двойное «н» в корне (Варн-ицкий) не путать с вариантом Варницкий через одно «н» — это уже другая, возможно, украинская форма (Варницький). Географически фамилия встречается разрозненно, без ярко выраженного гнезда, что подтверждает её профессиональное происхождение: солевары были мобильны. Варницкие — это потомки людей, которые варили соль, жили при соляных промыслах или, реже, выходцы из села с таким названием.