Фамилия Варницина — женская форма, а мужская, Варницин, образована по простой и прозрачной модели: от основы «варниц-» плюс патронимический суффикс -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Варницин», то есть сын Варницы. Но вот с самой основой всё интереснее.

Слово «варница» в русских говорах означало место, где вываривали соль — соляной чан или целое производство. Варницами называли и особые печи для выварки соли, и само предприятие. Человек, работавший на такой варнице или владевший ею, получал прозвище Варница. От него и пошла фамилия. Это типичная «профессиональная» фамилия, каких много в северных и приуральских регионах России, где солеварение было важным промыслом — в Соликамске, Сольвычегодске, Тотьме.

Есть и другая, менее вероятная версия: от слова «варник» — так в некоторых диалектах называли повара или того, кто варит пиво, брагу. Но связь с солеварением выглядит убедительнее: суффикс -иц- в слове «варница» чётко указывает на место действия, а не на лицо. Прозвище Варница могло закрепиться за мастером, который руководил процессом выварки, или за владельцем варницы.

Фамилия Варницин встречается нечасто, но географически привязана к Русскому Северу и Уралу. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с такой фамилией в Соликамском уезде. Варницины, скорее всего, не принадлежали к дворянству — это фамилия людей рабочего, промыслового сословия, чей труд кормил целые города.