Фамилия Варницын — один из тех случаев, когда прозвище прямо указывает на профессию предка. В основе лежит слово «варница»: так в старину называли солеварню — место, где из природного рассола выпаривали соль. Соответственно, Варницей могли прозвать человека, который работал на таком производстве: солевара, владельца варницы или мастера, знавшего тонкости выварки соли.

Словообразовательная модель проста: к основе «Варниц-» добавили типичный русский суффикс принадлежности «-ын». Фамилии на «-ын» образовывались от основ, оканчивающихся на «-а» или «-я»: Варница → Варницын, то есть «сын Варницы» или «человек из семьи Варницы». Менее распространённый вариант — Варницыны, с ударением на первый слог, встречается реже, но тоже фиксируется в документах.

Солеварение было важным промыслом на Русском Севере, в Прикамье и в Поволжье — там, где имелись соляные источники. Поэтому географически фамилия Варницын чаще всего привязана к этим регионам. Варницы ставили обычно у рек, чтобы было удобно доставлять дрова для выварки, — работа тяжёлая, требовавшая выносливости и опыта.

Не стоит путать фамилию с однокоренными Варничным или Варниковым: те образованы от других форм того же корня. Варницын же строго держится за прозвище на «-а», что делает её более редкой и локальной. Точное время возникновения фамилии проследить сложно: такие профессиональные прозвища могли закрепиться в XVI–XVII веках, когда солеварение стало массовым, а фамилии начали передаваться по наследству. Но без конкретных архивных записей по конкретной семье говорить о дате рано.