Фамилия Варницына хранит память о солеварении — одном из древнейших промыслов на Руси. В её основе лежит слово «варница», которым называли место, где из природного рассола вываривали соль. Так что предок носителей этой фамилии, скорее всего, был солеваром или владельцем такой варницы.

Модель образования здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ин добавляется к основе, оканчивающейся на -а. Прозвище Варница дали человеку по его профессии — настолько характерной, что она заменила ему имя в быту. Со временем это прозвище закрепилось за потомками как фамилия Варницын, а в женском роде — Варницына.

Стоит заметить, что солеварение было особенно развито на Русском Севере, в Прикамье и в районе Солигалича. Поэтому фамилия Варницын (Варницына) встречается чаще всего именно в этих регионах, что может помочь в поиске семейных корней. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от прозвищ на согласный, форма на -ин указывает на прозвище, которое уже имело окончание -а.