Фамилия Варонский — одна из тех, где внешняя прозрачность обманчива. На первый взгляд кажется, что в основе лежит что-то связанное с «вороном» или «вороной», но суффикс -ск- указывает на другую модель образования. Фамилии на -ский в большинстве своём либо дворянские (от названий имений), либо польско-белорусские (от названий мест), либо искусственные (семинарские). Варонский, скорее всего, относится ко второй или третьей группе.

Самая вероятная версия — географическая. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Вароны, Варонки или Вароново. Такие топонимы встречаются в Беларуси и на западе России, а суффикс -ский как раз и служил для обозначения человека «из Варон». В этом случае предок носителя фамилии был либо выходцем из такого села, либо помещиком, владевшим имением с похожим названием.

Вторая версия — искусственное происхождение. В духовных семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали «благозвучные» фамилии, образованные от латинских или греческих корней. Латинское varus означает «кривой» или «вывихнутый», а также было личным прозвищем (римский полководец Вар). От него могли образовать Варонский по той же модели, что и Адрианский, Викторский. Правда, эта версия менее убедительна: для семинарских фамилий типичнее основы из церковного календаря или греческой мифологии, а не из римских когноменов.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с прозвищем Варона. В некоторых говорах «варона» — диалектный вариант слова «ворона» (с аканьем и отвердением). Тогда фамилия Варонский могла означать «сын Вароны», то есть потомок человека, прозванного за внешность или поведение вороной. Однако суффикс -ский для таких прозвищных фамилий нетипичен: обычно они оформлялись через -ов/-ев или -ин (Воронов, Воронин). Поэтому версия с прозвищем — самая слабая.

Интересная деталь: фамилия Варонский встречается гораздо реже, чем однокоренная Воронский. Это говорит о том, что её носители, скорее всего, происходят из узкого ареала — возможно, из бывших польских или литовских земель, где аканье было нормой, а суффикс -ский — типичным способом образования фамилий.