Фамилия Варцан — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение стоит искать не в славянских корнях, а в закавказском или ближневосточном регионе, причем с высокой вероятностью — в армянской или ассирийской среде.

В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Варцан. В армянском языке «варц» означает «плата», «налог», «цена», а «варцан» могло быть именем, данным по профессии сборщика податей или торговца. Также в армянской антропонимии встречается имя Варцан как вариант от Вардан (распространенное имя, означающее «дар»), но с местным диалектным изменением. Вторая версия ведет к ассирийскому (айсорскому) имени Варцан, которое могло значить «сияющий» или «светлый» — такие прозвища давали людям со светлыми волосами или кожей, что было заметно в южном регионе.

Фамилия образована без характерных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что указывает на её позднюю фиксацию в документах или на то, что носители сохранили исходную форму при русификации. Варцан — это не переделанная, а записанная в паспорт фамилия, часто встречающаяся у армянских и ассирийских переселенцев, осевших в XIX–XX веках на юге России, в Краснодарском крае, Ставрополье, Ростовской области, а также в Закавказье.

Географически фамилия Варцан привязана к Армении, Грузии и диаспорам в России. В сословном отношении предки могли быть крестьянами, ремесленниками или мелкими торговцами — представителями тех групп, которые в Российской империи получали фамилии по имени отца или по прозвищу без добавления суффикса, если документы оформлялись на национальных окраинах.

Спорных версий немного: попытка связать Варцан с немецким или еврейским корнем маловероятна, так как фамилия не имеет типичных германских окончаний, а в идиш или иврите такого корня нет. Наиболее правдоподобна армянская гипотеза — она подтверждается и структурой (имя без суффикса), и ареалом бытования.