Фамилия Варущенков образована по русской модели с суффиксом -ов от прозвища или имени Варущенко. Сама основа Варущенко — это украинская или южнорусская форма, где суффикс -енко указывает на «сына» или «потомка». Иными словами, Варущенко — это «маленький Варуша», а Варущенков — «сын Варущенко» или «потомок Варущенко». Такая цепочка характерна для фамилий, которые закрепились в великорусских губерниях, но несут следы украинского влияния: первоначально прозвище на -енко бытовало на юге, а затем, при переселении или переходе на русскую административную систему, к нему добавили типичный русский патронимический суффикс -ов.

Корень фамилии — Варуш(a). Это уменьшительная или обиходная форма от канонического имени Варлаам (в просторечии — Варлам) или, реже, от Варфоломей. В народной речи сложные церковные имена часто сокращали до простых и удобных: Варлаам превращался в Варлаха, Варлаша, а затем и в Варушу. Имя Варлаам, греческого происхождения, означает «сын народа» или «утешитель», но для крестьянской среды XVI–XVII веков это была лишь звуковая оболочка, которую перекраивали по законам живой речи. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть сыном Варлаама, которого в быту звали Варуша.

Версия о происхождении от прозвища, не связанного с именем, менее вероятна. Слово «варуша» или «варуха» в диалектах не зафиксировано в значении, которое могло бы стать устойчивым прозвищем. Возможно, в каких-то говорах так называли ворчуна или суетливого человека (от глагола «варушить» — шуметь, беспокоить), но это лишь предположение, не подкреплённое словарями. Основная гипотеза — именная, через цепочку Варлаам → Варуша → Варущенко → Варущенков.

Фамилия редкая. Её география — южные и центральные области России, куда переселялись выходцы с Украины или где были смешанные русско-украинские территории: Курская, Воронежская, Белгородская губернии. Встречается она и в казачьих областях, например, в бывшей Области Войска Донского. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Варущенковы обычно числились крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

От той же основы образованы фамилии Варушев, Варухин, Варламов, Варлашин. Но Варущенков стоит особняком из-за двойной суффиксации: сначала украинское -енко, потом русское -ов. Такое сочетание — верный признак того, что фамилия сложилась не в одной местности, а в результате миграции или смены социального статуса.