Фамилия Варушенков образована от прозвища или имени Варуша с помощью патронимического суффикса -енков. Эта модель типична для южнорусских и восточноукраинских фамилий: в центральной России чаще использовали суффикс -ов (Варушов), а на севере и в Сибири — -ин (Варушин). Форма на -енков указывает на то, что предок носителя фамилии жил в регионе, где было распространено «оканье» и где суффикс -енко (уменьшительный или сыновий) окал под влиянием великорусского говора, превратившись в -енков.

Основа Варуша — это, скорее всего, уменьшительная форма от канонического имени Варфоломей (апостол Варфоломей, в народной речи часто сокращался до Варфоломей → Варфоломка → Варуша). Второй вариант — от имени Варлаам (Варлаам → Варлаша → Варуша). Оба имени были распространены в крестьянской и купеческой среде до XVIII века, а после реформ Петра I постепенно вышли из обихода, оставшись только в фамилиях. Менее вероятно, но возможно происхождение от прозвища, связанного с диалектным словом «варуша» — так в некоторых говорах называли ворчливого или суетливого человека.

География фамилии Варушенков сегодня неширокая: основные кластеры встречаются в Брянской, Курской и Белгородской областях, что подтверждает южнорусское происхождение. Встречается также в Смоленской области — на границе с Беларусью, где суффикс -енков мог перейти из белорусского -енко. Фамилия редкая, в списках дворянских родов не значится: предки, судя по всему, были государственными крестьянами или однодворцами. Однодворцы — особая сословная группа на юге России, потомки служилых людей, которые несли пограничную службу и со временем слились с крестьянством. Если фамилия происходит от имени Варфоломей, то первый Варушенков мог жить в XVI–XVII веках и носить имя Варуша в быту, а его дети записались как Варушенковы — «сыновья Варуши».