Фамилия Варушишнин — редкий пример русского отчества второго порядка, то есть «внучьего» имени. Она отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «сын Варушишны», а Варушишна, в свою очередь, — «сын Варуши». Такая трёхступенчатая цепочка (Варуша → Варушишна → Варушишнин) указывает на то, что фамилия закрепилась в те времена, когда в русском быту ещё активно использовали не только имя, но и имя отца для обозначения внука.

Основа фамилии — имя Варуша. У него две версии происхождения, и обе имеют право на существование. Первая: Варуша — народная, уменьшительная форма крестильного имени Варфоломей. В переводе с древнееврейского Варфоломей означает «сын вспаханной земли». В христианской традиции это имя носил апостол Варфоломей, один из двенадцати ближайших учеников Христа. Дни его памяти приходятся на 24 июня, 13 июля и 7 сентября. Вторая версия: Варуша — это просторечный вариант женского греческого имени Варвара, которое переводится как «чужеземка». В этом случае фамилия могла образоваться от прозвища или имени матери.

Сама фамилия Варушишнин построена по продуктивной, но не самой частотной модели. Суффикс -ишн- (в форме Варушишна) указывает на принадлежность «по отцу», а финальное -ин добавляет значение «сын того». Такое словообразование типично для северных и центральных русских говоров, где долго держались архаичные формы родства. Поэтому географически фамилию стоит искать в старых писцовых книгах Новгородской, Вологодской или Архангельской губерний — именно там чаще фиксировались «внучьи» фамилии на -ишнин.

Коротко: Варушишнин — это потомок человека по имени Варуша, которое может восходить либо к апостолу Варфоломею, либо к имени Варвара. Фамилия редкая, с прозрачной внутренней формой, и её носитель может с большой вероятностью считать своими предков из русского Севера.