Основой фамилии Варушишнин послужило имя Варуша. Имя Варуша это производная форма крестильного имени Варфоломей, которое в переводе с древнееврейского языка означает «сын вспаханной земли». В истории христианства почитается святой апостол Варфоломей, один из двенадцати апостолов Иисуса Христа. Дни памяти Варфоломея приходятся на 24 июня, 13 июля и 7 сентября. По другой версии, имя Варуша представляет собой народный варинат женского греческого имени Варвара, которое на русский язык переводится как «чужеземка». Сама по себе фамилия Варушишнин является отчеством второго порядка: Варушишнин – сын Варушишны, внук Варушиши. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Варуша, со временем получил фамилию Варушишнин.