Фамилия Варушина — женская форма фамилии Варушин, а та, в свою очередь, образована по простой и распространённой модели: от личного имени или прозвища при помощи суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей сын?» — Варушин). Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для основ, оканчивающихся на -а, -я, в отличие от -ов/-ев для твёрдых и мягких согласных.

Корень фамилии — Варуша. Это слово не имеет прямого значения в современном русском языке, но почти наверняка восходит к разговорной или диалектной форме имени Варвара. В народной речи имя Варвара нередко сокращалось и видоизменялось: Варя, Вара, а также Варуша — через замену «р» на более мягкое или под влиянием других имён (например, Варух из библейского Варуха). Согласный «р» в северных и некоторых центральных говорах мог переходить в плавный или выпадать, так что Варуша — вполне живая народная форма.

Вероятнее всего, прозвище Варуша дали человеку по имени Варвара или, реже, по имени Варух (редкое каноническое имя, встречавшееся в среде старообрядцев и духовенства). Второй вариант менее вероятен: имя Варух не было массовым, а фамилия Варушина встречается не только в старообрядческих регионах. Так что основная версия — от Варвары через уменьшительное Варуша.

Фамилия редкая. По данным открытых источников, Варушины встречаются в центральной России, на Урале и в Сибири — в местах, куда переселялись крестьяне из северных и поволжских губерний. Носители фамилии — потомки крестьян или мещан, у которых прозвище закрепилось как родовое имя.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Варушкин, Варухин, Варушев, — то Варушин стоит особняком: суффикс -ин указывает на основу на -а, а не на согласный, что подтверждает именно прозвищное происхождение от женского имени. В русской ономастике такие фамилии нередки: от материнского имени давали прозвище детям, особенно если мать была вдовой или играла главную роль в хозяйстве. Так что предок Варушиных мог быть сыном женщины по прозвищу Варуша.