Фамилия Варушкины — одна из тех, что образована не от крестильного имени, а от прозвища, и её корни уходят в народную речь. В основе лежит слово «варушка» — так в некоторых русских говорах называли гриб, растущий на пнях, с ржаво-бурой шляпкой. Гриб этот съедобен и, по народным наблюдениям, обладает свойством подавлять размножение микробов (бактериостатическое действие). Прозвище Варушка, скорее всего, закрепилось за заядлым грибником, который знал толк в лесных дарах.

Есть и другая, не менее правдоподобная версия. Глагол «варить» дал жизнь множеству прозвищ, и «варушка» могло означать человека, сведущего в стряпне, хорошего повара. В этом случае прозвище перекликается с однокоренными «Варя» и «Варка», но суффикс -ушк- придаёт ему особый, уменьшительно-ласкательный оттенок, что характерно для прозвищ, данных в быту.

Фамилия строится по классической русской модели: к основе на -а добавляется суффикс принадлежности -ин. Варушкин — буквально «сын Варушки». Форма множественного числа (Варушкины) в современном употреблении часто указывает на целый род или династию.

Точная география фамилии не определена, но такие «грибные» и «кулинарные» прозвища были распространены в северных и центральных губерниях России, где охота и собирательство играли большую роль в хозяйстве. В отличие от фамилий, образованных от церковных имён, Варушкины — яркий пример того, как меткое народное слово, описывающее занятие или характер человека, становилось родовым именем.