Фамилия Ватрушкин образована от прозвища Ватрушка. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значение «лепешка с загнутыми кверху краями, покрытая слоем творога или варенья». Вероятно, прозвище относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть пекарем, кондитером или же торговцем мучными изделиями. Не исключено также, что прозвище Ватрушка получил любителей сладостей. Кроме того, возможно, что Ватрушкой называли полного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ватрушка, со временем получил фамилию Ватрушкин. Так, в Книге памяти Республики Татарстан упоминается Ватрушкин Василий Тимофеевич, родившийся в 1887 году в деревне Ильинское Зеленодольского района Республики Татарстан.