Фамилия Ватрушина — одна из тех, чья основа лежит на поверхности, но не стоит спешить с выводами. Самое прямое объяснение — от названия выпечки, ватрушки. Однако в русской ономастике прозвища по еде обычно давали не тому, кто её любил есть, а тому, кто её пёк. Так что предок носительницы фамилии, скорее всего, был пекарем или торговал сдобой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Ватрушин», то есть сын человека по прозвищу Ватрушка.

Но есть и другой, более редкий, но правдоподобный вариант. В северных и сибирских говорах (особенно в архангельских и вятских) словом «ватруха» называли не еду, а неряшливую, растрепанную женщину. Прозвище Ватруха могло прилипнуть к неопрятному мужчине или к тому, кто постоянно ходил с взлохмаченной головой — отсюда же и «ватрушка» как кушанье, напоминающее пышную, рыхлую лепёшку. В таком случае фамилия образована от личного прозвища, а не от профессии.

Географически фамилия Ватрушина встречается в основном в центральной России и Поволжье, но очагово — в Кировской области (бывшей Вятской губернии), что косвенно подтверждает диалектную версию. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не выделена отдельно, но разбирается в ряду «хлебных» фамилий (Блинов, Пирогов, Калачов), что говорит в пользу первой, «профессиональной» гипотезы.

Интересно, что ударение в фамилии плавающее: в быту часто говорят Ватру́шина (от ватру́шка), но по правилам фамильного ударения, если основа — прозвище Ватру́ха, то ударение падает на второй слог: Ватру́шина. В официальных документах встречаются оба варианта, что добавляет путаницы при поиске корней.

Так или иначе, фамилия редкая и недвусмысленно связана с бытом: либо с печным ремеслом, либо с деревенской меткостью в прозвищах.