Фамилия Варушкина — женская форма, исходная мужская — Варушкин. В её основе лежит прозвище Варушка. Ономастический словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к разряду образованных от прозвищ, а не от крестильных имён, что сразу указывает на бытовую, а не церковную природу имени предка.

Первая версия связывает прозвище с грибом варушкой — съедобным пластинчатым грибом с плоско-выпуклой шляпкой ржаво-буро-коричневой окраски, который растёт на пнях. В народной медицине варушке приписывали бактериостатическое действие — способность временно подавлять размножение микроорганизмов. Человека, носившего такое прозвище, скорее всего, хорошо знали как грибника: либо он часто ходил по грибы, либо торговал ими, либо сам был похож на коренастый грибок.

Вторая версия — от глагола «варить». Варушкой могли назвать повара, кухонного работника или того, кто постоянно что-то варил — например, варил пиво, мыло или соль. Суффикс -ушк- в этом случае уменьшительно-ласкательный, что типично для прозвищ, данных в быту: он смягчал именование, делал его почти домашним.

Сама фамилия образована по стандартной модели: к основе Варушк- добавили суффикс притяжательного прилагательного -ин, а затем — окончание -а для женского рода. Такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных губерниях России, где суффикс -ин был продуктивнее, чем -ов, особенно в прозвищах, оканчивающихся на -а/-я. Географически фамилия Варушкин (и Варушкина) нечастая, тяготеет к регионам Поволжья и Урала, где были сильны традиции прозвищного именования. К дворянским родам она не относится — это фамилия крестьянского или мещанского сословия, где прозвище передавалось по наследству без изменения формы.