Фамилия Варустин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Если не знать контекста, её можно принять за вариант от имени Варя или Варлам, но корень здесь иной.

Скорее всего, фамилия Варустин образована от прозвища или имени Варуста. Это слово могло возникнуть от прилагательного «варустый» — в некоторых северных и сибирских говорах так называли человека сварливого, брюзгливого или неуживчивого. Прозвище давали по характеру: «варуст» — сварливость, вздорность. Таким образом, Варустин буквально означает «сын Варусты», то есть потомок сварливого, неуживчивого человека.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Варустин. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от основ на -а или -я. Географически фамилия тяготеет к северу России и Уралу — именно там фиксируются говоры с корнем «варуст-». В центральных и южных областях такая основа почти не встречается.

Есть и менее вероятная версия: связь с диалектным «варуса» — так в некоторых местах называли старую, засохшую берёзу. Тогда прозвище могло относиться к сухопарому, высокому человеку. Но эта гипотеза слабее — семантика «сварливый» встречается в словарях русских говоров чаще и имеет прямые параллели (сравните «ворчать» и «варчать»).

В писцовых книгах и переписях XVII–XVIII веков фамилия не прослеживается — это позднее образование, скорее всего, крестьянское или мещанское. Дворянских родов с такой фамилией нет. В современной России Варустины встречаются единично, в основном в Пермском крае и Кировской области.

Однокоренных фамилий немного: Варустов, Варухин (если от того же корня), но они ещё реже. Фамилия Варустин — редкий случай, когда прозвище по характеру сохранилось в почти неизменном виде, не переосмысленное и не «облагороженное» книжным окончанием.