Фамилия Варыина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её форма указывает на принадлежность к «материнской» модели на -ин, но в отличие от большинства русских фамилий этого типа (Иванов → Иванин, Петров → Петрин) здесь основа вызывает вопросы. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединялся к основе, оканчивающейся на -а/-я: от имени или прозвища Варя, от слова «варя» (варево) или от диалектного «варый» (зрелый, опытный). Однако написание «Варыина» с буквой «ы» после «р» подсказывает, что в исходной форме был твёрдый согласный: не Варя, а Варыня или Варына.

Самая вероятная версия: фамилия образована от прозвища Варыня. В русских говорах «варыня» — это не только то, что варят (похлёбка), но и переносное обозначение человека, который любит хорошо поесть или занимается варкой, например, пивовар или повар. В ономастике известны фамилии Варыгин, Варышев, Варёнов — все они восходят к глаголу «варить» или к производным формам. Варыина могла возникнуть как вариант с суффиксом -ин от основы «Варын(я)», где «ы» — результат отвердения в диалекте (сравните: «бык» — «бычина», но не «бячина»). Другая, менее вероятная гипотеза — связь с личным именем Вар, которое в старину давали по церковному имени Вар (святой мученик), но тогда ожидалась бы форма Варин или Варов, а не Варыин.

Географически фамилия встречается в основном на Русском Севере и в Поволжье — регионах, где сохранялись архаичные говоры с твёрдым произношением. В переписях XIX века Варыины могли быть крестьянами или посадскими людьми, чьё прозвище закрепилось за родом. Сословная принадлежность не определена: фамилия не дворянская и не купеческая, скорее всего, она принадлежала к непривилегированным слоям. Если сравнивать с однокоренными, то Варыина стоит особняком: у неё нет массовых аналогов вроде Варыгин или Варюшин, что указывает на локальное происхождение, возможно, от конкретного человека по прозвищу Варыня.

Таким образом, носитель фамилии Варыина может считать, что его предок был либо поваром, либо человеком, получившим прозвище за любовь к сытной еде. Точных документальных подтверждений этой версии нет, но словообразовательная логика и диалектный фон делают её самой убедительной.