Фамилия Василекина — одна из тех, что образована напрямую от полного крестильного имени, но с нестандартным суффиксом. В основе лежит имя Василий (от греческого «басилевс» — царь), а вот способ присоединения к нему суффикса -екин встречается реже, чем привычные -ов/-ев или -ин. Если бы фамилию строили по самой распространённой модели, получились бы Васильев или Василин. Суффикс -екин в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к кому-то через уменьшительно-ласкательную форму: Василека — это неофициальное, домашнее прозвище для Василия, что-то вроде «Вася» или «Васёк», но с другим звучанием.

По правилам русской ономастики, фамилии на -ин (а -екин — это его разновидность, где корень заканчивается на -ека) означали «чей?»: сын Василеки, то есть человек из семьи того, кого в быту звали Василекой. Такая форма могла закрепиться в северных или центральных говорах, где любили уменьшительные варианты с растянутыми гласными. В отличие от фамилии Василькин (от Василька), Василекина звучит архаичнее и могла возникнуть в среде, где имя произносили на местный манер, с ударением на второй слог: Василёка.

Версия о происхождении от прозвища, не связанного с именем, маловероятна. Слово «василёк» как растение дало бы фамилию Васильков или Василькин, но не Василекин. Если бы в основе лежало прозвище по профессии или внешности, суффикс -екин остался бы тем же, но корень был бы другим. Поэтому наиболее надёжное объяснение — от имени Василий через домашнюю форму Василека.

Социально фамилия не указывает на дворянство или духовенство: в среде крестьян и посадских людей такие «домашние» фамилии на -ин закреплялись стихийно, без участия канцелярий. Она могла встречаться в тех губерниях, где было распространено имя Василий, но не стала массовой из-за редкого суффикса. Поиск по базам данных показывает, что носительницы фамилии Василекина встречаются эпизодически, в основном в центральной России, что подтверждает её локальный, а не общерусский характер.